Kontynuacja losów członków ekipy Skorpion, którymi dowodzi Walter O'Brien (Elyes Gabel), geniusz w dziedzinie informatyki. Swój talent rozwijał poprzez włamywanie się do ściśle tajnych baz, dostępnych jedynie dla organów państwowych. Wraz z innymi specjalistami rozwiązuje skomplikowane zagadki dotyczące cyberświata. W trzecim sezonie bohaterowie zmierzą się z hakerem, który przejął kontrolę nad samolotem i statkiem marynarki wojennej. Nie zabraknie także pozostałych członków zespołu - psychiatry Toby'ego Curtisa (Eddie Kaye Thomas), elektronicznego wirtuoza, Happy Quinn (Jadyn Wong) oraz Sylvestra Dodda (Ari Stidham), zwanego człowiekiem kalkulatorem.