Drugi sezon przygód dwójki agentów FBI: Foxa Muldera (David Duchovny) i Dany Scully (Gilian Anderson). Prowadzą oni tytułowe Archiwum X, specjalną komórkę Federalnego Biura Śledczego, do której trafiają sprawy, nie dające się racjonalnie wytłumaczyć. Mulder głęboko wierzy w istnienie istot pozaziemskich i inne paranormalne zjawiska. Scully z kolei, jako naukowiec jest co do tego bardzo sceptyczna. Para funkcjonariuszy nawzajem się uzupełnia, stanowiąc niezastąpiony duet, rozwiązujący nawet najtrudniejsze sprawy.