Mysz Stuart mieszka w Nowym Jorku razem ze swoją przybraną rodziną - państwem Malutkimi i ich dziećmi. Ostatnio czuje się osamotniony, ponieważ jego brat George Malutki (Jonathan Lipnicki) ma dla niego mniej czasu niż dotychczas. Często wychodzi z domu, by spotykać się ze swoimi przyjaciółmi. Stuart marzy o nowym towarzyszu. Pewnego dnia ratuje z opresji ptaka o imieniu Margalo, którego ściga sokół. Postanawia zaopiekować się nim, ponieważ ma zranione skrzydło. Państwo Malutcy nie mają nic przeciwko temu, by Margalo u nich zamieszkała. Niestety, wkrótce ptak niespodziewanie znika. Stuart i kot Snowbell wyruszają na poszukiwania. Druga część przygód małej, sympatycznej myszy i rodziny Malutkich. Film jest połączeniem gry aktorskiej i komputerowej animacji.